Er wird in drei Bezirke unterteilt, für die jeweils ein Propst federführend verantwortlich ist. Bezirk A entspricht in seiner Ausdehnung etwa dem Verwaltungsbereich des Bezirksamtes Altona und wird von Propst Horst Gorski geleitet.

Die ausserhalb Hamburgs liegenden Gemeinden des Kirchenkreises Blankenese und der Landkreis Pinneberg werden zum Bezirk C zusammengefasst und übergangsweise von Propst Thomas Drope geführt. Bezirk B setzt sich aus den äusseren Teilen des Bezirkes Eimsbüttel und Norderstedt zusammen. Hierfür ist Propst Karl-Heinrich Melzer verantwortlich.

Im Kirchenkreis Hamburg-West/Südholstein wird es zwei Arbeitszentren geben: Im Haus der Kirche Niendorf werden Dienste und Werke unterkommen, in Pinneberg die Verwaltung. Bei einer Pressekonferenz am Freitag betonten die drei Pröpste, dass durch die Fusion keine Stellen eingespart würden.

Stattdessen gebe es aber gemeinsame Projekte, die jeder Kirchenkreis für sich aus Kostengründen nicht hätte bewältigen können: Mit der → Hamburger Jugendkirche sei ein erstes Projekt schon umgesetzt worden. Auch diakonische übergemeindliche Aufgaben wie Armutsbekämpfung oder Migrantenarbeit könnten jetzt durch Synergienutzung erweitert werden.